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分子生物室按照卫生部颁发的《临床基因扩增检验试验时管理暂行办法》(卫医发[2002] 10号)文件，以及卫生临床检验中心配套文件《临床基因扩增检验试验时工作规范》(卫检字[2002] 8号)进行设计和建设，于2009年通过卫生部门验收并正式投入运行。目前开展的项目有：耐药基因及基因突变位点检测，为临床合理用药提供依据;HPV-DNA、HBV-DNA及HCV-RNA的荧光定量PCR检测，以及生殖道病原体核酸检测和呼吸道病原体核酸检测等系列项目，为这类感染性疾病的诊断和疗效提供依据。同时还承担北京市食源性疾病监测工作，为院内分离的致泻大肠菌株提供分型数据。分子生物室质量管理体系完善，在室间质评及室间比对等实验室外部能力验证活动取得优秀成绩。分子生物室将持续为医生及患者提供准确的检测结果及高质的检测服务。