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微生物室开展病原微生物的培养,鉴定和药敏监测等工作，承担院内感染监测工作，承担北京市食源性腹泻病例监测工作。拥有法国梅里埃BACT/ALERT 3D全自动血培养仪，美国BD公司9000系列全自动血培养仪及PHOENIX M50全自动细菌鉴定药敏分析仪。每年参加卫生部及北京市室间质控并获得满意结果。